CLUMPP: программа для согласования кластеров и перестановок при решении проблем переключения меток и мультимодальности в анализе структур популяций

МЕТОДИЧЕСКАЯ ПОСТАНОВКА: Кластеризация особей в популяции на основе многолокусных генотипов оказывается информативной в различных ситуациях. В алгоритмах кластеризации для популяционной генетики, таких как BAPS, STRUCTURE и TESS, индивидуальные многолокусные генотипы распределяются по набору кластеров, часто с использованием неконтролируемых подходов, включающих стохастическое моделирование. В результате повторные (репликатные) анализы кластеризации одной и той же выборки могут давать несколько различных решений для оцененных коэффициентов членства в кластерах, даже если использовались одинаковые начальные условия. Основные различия между решениями кластеризации имеют две главные причины: (1) «переключение меток» кластеров между репликами, вызванное произвольной маркировкой кластеров в неконтролируемом анализе, и (2) «истинная мультимодальность», т.е. действительно различные решения между репликами. РЕЗУЛЬТАТЫ: Для облегчения интерпретации результатов популяционно-генетической кластеризации мы описываем три алгоритма для выравнивания множества реплик одного и того же набора данных. Мы реализовали эти алгоритмы в компьютерной программе CLUMPP (CLUster Matching and Permutation Program). Демонстрируем применение CLUMPP на примере выравнивания коэффициентов членства в кластерах, полученных в 100 повторных анализах кластеризации 600 кур из 20 различных пород. ДОСТУПНОСТЬ: CLUMPP свободно доступна по адресу http://rosenberglab.bioinformatics.med.umich.edu/clumpp.html.