oriTfinder: веб-инструмент для идентификации источников переноса в последовательностях ДНК бактериальных мобильных генетических элементов

oriTfinder — это веб-сервер, обеспечивающий быструю идентификацию сайта начала переноса (oriT) конъюгативной плазмиды или интегративного и конъюгативного элемента, локализованного в хромосоме. Используемая серверная база данных oriTDB создана на основе более чем тысячи известных областей oriT бактериальных мобильных генетических элементов (МГЭ), а также известных релаксаз, кодируемых МГЭ, и белков сопряжения типа IV (T4CP). Благодаря сочетанию поиска сходства с нуклеотидными последовательностями oriT, хранящимися в oriTDB, и анализа колокализации фланкирующих гомологичных генов релаксаз oriTfinder может с высокой точностью предсказывать область oriT в последовательности ДНК бактериальной плазмиды или хромосомы в течение нескольких минут. Сервер также выявляет другие модули, связанные с переносом, включая потенциальный ген релаксазы, ген T4CP и кластер генов системы секреции типа IV, а также предполагаемые гены, кодирующие факторы вирулентности и детерминанты приобретённой устойчивости к антибиотикам. oriTfinder может способствовать удовлетворению растущей потребности в повторной аннотации конъюгативных, мобилизуемых или непередающихся бактериальных элементов и содействовать быстрой оценке риска распространения признаков, имеющих значение для развития заболеваний, у представляющих интерес патогенных бактерий. oriTfinder находится в свободном доступе для всех пользователей; вход в систему не требуется: http://bioinfo-mml.sjtu.edu.cn/oriTfinder.