Обработка данных газовой хроматографии–масc-спектрометрии упрощена

Оценка данных GC-MS может быть затруднена из‑за высокой сложности данных, включая перекрывающиеся, вложенные пики со сдвигом времени удерживания и низким отношение сигнал/шум. В настоящей работе мы демонстрируем новый подход PARAFAC2‑based Deconvolution and Identification System (PARADISe) для обработки сырых данных GC-MS. PARADISe — независимая от компьютерной платформы, свободно доступная программа, включающая ряд новоразработанных алгоритмов в единой структуре. Она предлагает решение для аналитиков, работающих со сложными хроматографическими данными, и позволяет извлекать информацию о химических веществах/метаболитах непосредственно из сырых данных. Для работы с PARADISe аналитик должен задать лишь несколько входных параметров; ПО обрабатывает данные GC-MS и преобразует сырые файлы netCDF в скомпилированную таблицу пиков. Кроме того, метод в целом устойчив к незначительным вариациям входных параметров. Метод автоматически выполняет идентификацию пиков на основе деконволюционированных массовых спектров с использованием интегрированного поискового движка NIST и генерирует отчет об идентификации. В этой статье мы сравниваем PARADISe с AMDIS и ChromaTOF по качеству квантификации пиков и показываем, что PARADISe более устойчив к настройкам, задаваемым пользователем, которые при этом проще (и значительно их меньше). PARADISe основан на непатентованных научно оцененных подходах, и мы показываем, что PARADISe способен обрабатывать больше перекрывающихся сигналов и пики с более низким отношением сигнал/шум, делая это таким образом, что требуется примерно час работы независимо от числа образцов. Мы также показываем, что в PARADISe отсутствуют "необнаружения": все соединения детектируются во всех образцах.