Minfi: гибкий и комплексный пакет Bioconductor для анализа микромассивов метилирования ДНК Infinium

МОТИВАЦИЯ: Недавно выпущенный микромассив Infinium HumanMethylation450 (массив «450k») обеспечивает высокопроизводительное определение метилирования ДНК (DNAm) приблизительно в 450 000 локусов, охватывающих различные геномные признаки. Хотя этот продукт менее универсален, чем методы высокопроизводительного секвенирования, он более экономичен и, вероятно, станет наиболее широко используемой технологией высокопроизводительного измерения DNAm в ближайшие несколько лет. РЕЗУЛЬТАТЫ: Здесь мы описываем набор вычислительных инструментов, включающих современные статистические методы анализа данных DNAm. Программное обеспечение разработано таким образом, чтобы его можно было легко адаптировать к будущим версиям технологии. В пакет включены методы предварительной обработки, оценки качества и выявления дифференциально метилированных областей в диапазоне от килобазного до мегабазного масштаба. Мы показываем, что наше программное обеспечение представляет собой мощную и гибкую платформу для разработки будущих методов. Мы также демонстрируем, как наши методы позволяют этой технологии делать открытия, которые ранее считались возможными только с помощью методов, основанных на секвенировании. ДОСТУПНОСТЬ И РЕАЛИЗАЦИЯ: http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/minfi.html. КОНТАКТЫ: khansen@jhsph.edu; rafa@jimmy.harvard.edu. ДОПОЛНИТЕЛЬНАЯ ИНФОРМАЦИЯ: Дополнительные данные доступны онлайн в журнале Bioinformatics.