Статистическая значимость в геномных исследованиях

Statistical significance for genomewide studies
Robert Tibshirani, John D. Storey
2003-07-25

уровень ложных открытийскрининг генома на сцеплениегеномные исследованияp-значениеq-значение
С ростом числа геномных экспериментов и секвенирования множества геномов анализ больших наборов данных стал обычной практикой в биологии. Часто тысячи признаков в геномном наборе данных проверяются относительно некоторой нулевой гипотезы, при этом ожидается, что ряд признаков будет значимым. В настоящей работе мы предлагаем подход к оценке статистической значимости в таких геномных исследованиях, основанный на концепции уровня ложных открытий (false discovery rate). Этот подход обеспечивает разумный баланс между числом истинно положительных и ложно положительных результатов, автоматически калибруется и легко интерпретируется. В рамках метода каждой протестированной признаку ставится в соответствие мера статистической значимости, называемая q-значением. q-значение похоже на хорошо известное p-значение, за исключением того, что оно отражает значимость в терминах уровня ложных открытий, а не уровня ложноположительных результатов. Наш подход предотвращает поток ложноположительных результатов, при этом предлагая более либеральный критерий, чем тот, который использовался при геномных сканах на сцепление.
1
Утверждается, что подход FDR/q-значения автоматически балансирует истинные и ложные положительные результаты и даёт легко интерпретируемые меры значимости.
2
Вводится q-значение как мера значимости для каждого признака, аналогичная p-значению, но отражающая FDR вместо уровня ложноположительных результатов.
3
Предлагается подход на основе скорости ложных открытий (FDR) для оценки статистической значимости в многоядерных геномных исследованиях, где тестируются тысячи признаков.
4
Заявлено, что метод q-значений сокращает количество ложноположительных результатов по сравнению с обычными критериями значимости в геномных исследованиях, при этом являясь более либеральным, чем пороги для сканирования на сцепление.

Геномные исследования (объёмные данные геномного масштаба с тысячами тестируемых признаков)

Оценка статистической значимости с использованием подхода на основе уровня ложных открытий (FDR), в частности введение q-значения для каждого тестируемого признака с целью балансировки истинных и ложных положительных результатов при геномном тестировании

Publication Details
Publication Date
2003-07-25
Journal
Publisher
ISSN
Access Type
Author Information
Authors
Robert Tibshirani
John D. Storey
Explore further
Open the scid.ai AI chat with a ready-made request: it will find papers on a similar topic and help build a literature review.
Find similar papers in the chat
Make a presentation
100%