MEGA3: интегрированное программное обеспечение для молекулярно-эволюционного генетического анализа и выравнивания последовательностей

Сравнительный анализ последовательностей ДНК и белков, теоретически прочно основанный на принципах молекулярной эволюционной и популяционной генетики, играет центральную роль в реконструкции эволюционной истории видов и мультигенных семейств, оценке скоростей молекулярной эволюции, а также выявлении природы и масштабов действия факторов отбора, определяющих эволюцию генов и геномов. Масштаб таких исследований значительно расширился благодаря развитию высокопроизводительных методов секвенирования и новых статистических и вычислительных подходов. Эти методы требуют простых в использовании компьютерных программ. Одним из таких направлений стала разработка программного обеспечения Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA), ориентированного на облегчение изучения и анализа вариабельности последовательностей ДНК и белков с эволюционной точки зрения. В своей третьей основной версии MEGA3 включает средства автоматического и ручного выравнивания последовательностей, веб-ориентированного поиска по базам данных, реконструкции филогенетических деревьев, оценки эволюционных расстояний и проверки эволюционных гипотез. В статье представлен обзор статистических методов, вычислительных инструментов и модулей визуального исследования для ввода данных и анализа результатов, доступных в MEGA.