Геном Burkholderia cenocepacia J2315 — эпидемического патогена пациентов с муковисцидозом

Бактериальные инфекции легких пациентов с муковисцидозом (МВ) вызывают серьезные осложнения при лечении этого распространенного генетического заболевания. Инфекция, вызываемая Burkholderia cenocepacia, представляет особую проблему, поскольку этот микроорганизм характеризуется высокой устойчивостью к антибиотикам, что затрудняет его эрадикацию; развивающиеся хронические инфекции связаны с резким снижением функции легких и повышением смертности. Штамм B. cenocepacia J2315 был выделен у пациента с МВ и относится к эпидемической линии ET12, возникшей в Канаде или Соединенном Королевстве и распространившейся в Европе. Геном этого высококонтагиозного патогена размером 8,06 Мб включает три кольцевые хромосомы и плазмиду и кодирует широкий спектр функций, характерных для этого метаболически универсального рода, а также многочисленные факторы вирулентности и лекарственной устойчивости. Хотя штаммы B. cenocepacia могут быть выделены из почвы и способны вызывать заболевания у растений и человека, J2315 представляет линию B. cenocepacia, которую редко выделяют из окружающей среды и которая распространяется между пациентами с МВ. Сравнительный анализ показал, что около 21% генома уникальны по сравнению с другими штаммами B. cenocepacia, что подчеркивает геномную пластичность этого вида. Наличие псевдогенов в генах детерминант вирулентности позволяет предположить, что патогенный ответ J2315 недавно подвергся отбору, способствующему персистированию в легких пациентов с МВ. Геном J2315 свидетельствует о том, что его уникальное и высоко адаптированное генетическое содержание сыграло значительную роль в успехе этого штамма как эпидемического патогена пациентов с МВ.