BindingDB в 2015 году: общедоступная база данных для медицинской химии, вычислительной химии и системной фармакологии

BindingDB (www.bindingdb.org) — общедоступная база данных экспериментальных данных о взаимодействиях белков с малыми молекулами. Ее коллекция, насчитывающая более миллиона записей, сформирована главным образом на основе научных статей и, в возрастающей степени, патентов США. BindingDB предоставляет множество возможностей для просмотра и поиска интересующих данных, включая инструмент расширенного поиска, позволяющий объединять запросы нескольких типов, в том числе текстовые запросы, химические структуры, аминокислотные последовательности белков и численные значения аффинности. Банк данных по структурам белков (PDB) и PubMed содержат ссылки на данные BindingDB, и наоборот; кроме того, BindingDB предоставляет ссылки на информацию о метаболических путях, каталог доступных соединений ZINC и другие ресурсы. Веб-сайт BindingDB предлагает специализированные инструменты, использующие преимущества обширной коллекции данных, включая инструменты для выдвижения гипотез о белковых мишенях, с которыми связывается биоактивное соединение, и о соединениях, связывающихся с новым белком с известной последовательностью, а также для виртуального скрининга соединений с использованием методов максимального химического сходства, бинарной дискриминации по ядру и метода опорных векторов. Доступны также специализированные наборы данных, включая данные о связывании для сотен конгенерических серий лигандов, извлеченные из BindingDB и организованные для валидации методов дизайна лекарственных средств. BindingDB предоставляет несколько форм программного доступа, а также обширные справочные материалы и документацию. В настоящей работе представлен первый с 2007 года обзор обновлений BindingDB, сфокусированный на новых и уникальных возможностях и на направлениях, имеющих значение для всей области.