Аналитические характеристики геномного классификатора ThyroSeq v3 для диагностики рака в узлах щитовидной железы

ОБОСНОВАНИЕ: Молекулярные тесты имеют клиническую ценность при исследовании узлов щитовидной железы с неопределёнными результатами цитологического исследования материала тонкоигольной аспирационной биопсии (ТАБ), хотя их характеристики требуют дальнейшего улучшения. В данном исследовании оценивали аналитические характеристики недавно разработанного теста ThyroSeq v3. МЕТОДЫ: ThyroSeq v3 представляет собой метод секвенирования нового поколения на основе ДНК и РНК, анализирующий 112 генов на наличие различных генетических изменений, включая точечные мутации, вставки/делеции, генные слияния, изменения числа копий и аномальную экспрессию генов; для дифференциации злокачественных и доброкачественных образований используется геномный классификатор (GC). Метод был валидирован на 238 образцах тканей и 175 образцах, полученных при ТАБ, для которых имелись данные хирургического наблюдения. Были проведены исследования аналитических характеристик. РЕЗУЛЬТАТЫ: В обучающей выборке образцов тканей геномный классификатор ThyroSeq выявил более 100 генетических изменений, включая мутации BRAF, RAS, TERT и DICER1, слияния NTRK1/3, BRAF и RET, потерю участка 22q и изменения экспрессии генов. Были установлены пороговые значения GC для дифференциации рака и доброкачественных узлов; чувствительность составила 93,9%, специфичность — 89,4%, точность — 92,1%. Метод правильно классифицировал большинство папиллярных, фолликулярных и онкоцитарных образований, медуллярных карцином щитовидной железы и образований околощитовидных желёз. В валидационной выборке образцов ТАБ чувствительность GC составила 98,0%, специфичность — 81,8%, точность — 90,9%. Исследования аналитической точности показали, что минимально необходимое количество нуклеиновой кислоты составляет 2,5 нг, минимально допустимое содержание опухолевых клеток — 12%, а результаты теста воспроизводимы при различных стрессовых условиях. ВЫВОДЫ: Геномный классификатор ThyroSeq v3 анализирует 5 различных классов молекулярных изменений и обеспечивает высокую точность выявления всех распространённых типов рака щитовидной железы и образований околощитовидных желёз. Аналитические чувствительность, специфичность и устойчивость теста успешно валидированы, что свидетельствует о его пригодности для клинического применения. Cancer 2018;124:1682-90. © 2018 American Cancer Society.