Последовательность генома томата позволяет глубже понять эволюцию мясистых плодов
The tomato genome sequence provides insights into fleshy fruit evolution
2012-05-01
SCID: 54.1/5q5k6qvv
Discuss with AI
Solanum pimpinellifoliumсравнительная геномикаэволюция мясистых плодовтрипликация геномапоследовательность генома томата
Figures from the paper
Abstract (AI)
В статье представлена последовательность генома культивируемого томата, важной сельскохозяйственной культуры, а также черновая последовательность его ближайшего дикого родственника; сравнительная геномика выявляет очень небольшие различия между двумя геномами, но обнаруживает существенные отличия от генома картофеля — другой важной пищевой культуры рода Solanum. Томат (Solanum lycopersicum) является важной сельскохозяйственной культурой и модельным объектом для изучения развития плодов. Род Solanum — один из крупнейших родов покрытосеменных растений¹; он включает однолетние и многолетние растения, обитающие в разнообразных местообитаниях. Здесь мы представляем высококачественную последовательность генома культивируемого томата, черновую последовательность его ближайшего дикого родственника Solanum pimpinellifolium² и сравниваем их между собой и с геномом картофеля (Solanum tuberosum). Два генома томата демонстрируют лишь 0,6% нуклеотидного расхождения и признаки недавней интрогрессии, однако их расхождение с картофелем превышает 8% и сопровождается девятью крупными и несколькими более мелкими инверсиями. В отличие от Arabidopsis, но подобно сое, малые РНК томата и картофеля преимущественно картируются в богатых генами участках хромосом, включая промоторы генов. В эволюционной линии Solanum произошли две последовательные трипликации генома: одна древняя, общая с розидами, и другая, более поздняя. Эти трипликации создали предпосылки для неофункционализации генов, контролирующих такие характеристики плодов, как окраска и мясистость.
Key Findings
1
Получены высококачественная последовательность генома культурного томата и черновая последовательность генома его ближайшего дикого родственника Solanum pimpinellifolium.
2
Два генома томата имеют лишь 0,6% нуклеотидных различий и признаки недавней интрогрессии, что свидетельствует об их высокой генетической близости.
3
Геномы томата отличаются от картофеля более чем на 8% и содержат девять крупных и несколько меньших хромосомных инверсий.
4
Две последовательные трипликации генома в линии Solanum, вероятно, способствовали неофункционализации генов, контролирующих признаки плодов, включая окраску и мясистость.
5
В отличие от Arabidopsis, но подобно сое, малые РНК томата и картофеля преимущественно картируются в богатых генами областях, включая промоторы генов.
Research Object
Геном культивируемого томата, геном его ближайшего дикого родственника Solanum pimpinellifolium и геном картофеля
Research Subject
Сравнительная геномная эволюция рода Solanum, включая дивергенцию геномов, хромосомные инверсии, распределение малых РНК, трипликации генома и неофункционализацию генов признаков плодов
Publication Details
Publication Date
2012-05-01
Journal
Publisher
ISSN
Open access PDF
Access Type
Author Information
Download PDF
Subscribe to digest