Анализ цервиковагинального микробиома методом секвенирования 16S и ПЦР в реальном времени у пациенток из Новосибирска (Россия) с поражениями шейки матки и через несколько лет после лечения рака

Нарушение структуры цервиковагинального микробиома (ЦВМ) способствует персистенции вируса папилломы человека (ВПЧ) и отражает риски возникновения и рецидива поражений шейки матки и рака. Поэтому микробиомные биомаркеры могут быть полезны для скрининга заболеваний шейки матки и ведения пациенток. В настоящем исследовании с использованием секвенирования гена 16S рРНК и коммерческих диагностических наборов на основе полимеразной цепной реакции (ПЦР) был охарактеризован ЦВМ в цитологических препаратах 140 обследованных на ВПЧ женщин из Новосибирска (Россия) с нормальными результатами цитологического исследования, поражениями шейки матки или раком, а также 101 женщины, недавно получившей различные виды противоопухолевой терапии. Увеличение тяжести поражений сопровождалось повышением распространённости ВПЧ и увеличением биоразнообразия ЦВМ. В ЦВМ пациенток после лечения, как и при заболеваниях шейки матки, отмечалось обогащение хорошо известных микробных биомаркеров дисбиоза. Тем не менее концентрации некоторых видов, связанных с кожей и окружающей средой, которые постепенно возрастали с увеличением тяжести поражений, особенно Cutibacterium spp., Achromobacter spp. и Ralstonia pickettii, были низкими у пациенток после лечения и зависели от типа лечения. Частота доминирования Lactobacillus iners была высокой во всех группах и у пациенток после лечения зависела от типа лечения. Анализ микробиома с помощью наборов на основе ПЦР выявил статистически значимые различия между всеми группами пациенток. Таким образом, профилирование микробиома может способствовать выявлению диагностических и прогностических маркеров для ведения пациенток с поражениями шейки матки, а наборы для количественной ПЦР могут быть пригодны для этой цели.