Онтогенетическая причинность и проблема гомологии

Хотя обычно признается, что понятие гомологии относится к индивидуализированным признакам, унаследованным от общего предка, до сих пор отсутствует адекватное описание индивидуализации и наследования признаков. В настоящей работе предлагается использовать контрфактический критерий причинности для связывания каждого признака с геном онтогенетической причинности (developmental-causal, DC). DC-ген состоит из генетической информации, которая может быть или не быть физически непрерывной в геноме и необходима для формирования признаков организма, составляющих данный признак. Я утверждаю, что индивидуализированные признаки — фены — соответствуют особенностям организма, обусловленным DC-генами. Такой подход позволяет определить DC-карту, отражающую отношения между каждой парой фенов и дающую краткое представление о взаимосвязях генотипа и фенотипа, а также о сложности фенотипа. Фены родителей и потомков считаются гомологичными, если их DC-гены состоят из ортологичных генетических факторов. При сравнении более отдаленно родственных организмов признаки считаются гомологичными, если они связаны цепочкой гомологов в отношениях «родитель—потомок» вдоль эволюционного пути, соединяющего эти организмы. Существует три возможных способа учитывать потенциальное наличие нескольких эквивалентных DC-генов: максимальная, минимальная и консенсусная гомология. Хотя максимальная гомология имеет ограниченную полезность, два других подхода обладают ценностью и могут способствовать направлению исследований на стыке эволюции и развития.