MATCHTM: инструмент для поиска сайтов связывания факторов транскрипции в последовательностях ДНК

Match — инструмент на основе весовых матриц для поиска предполагаемых сайтов связывания факторов транскрипции в последовательностях ДНК. Match тесно связан с базой данных TRANSFAC и распространяется вместе с ней. В частности, Match использует библиотеку матриц, собранных в TRANSFAC, и поэтому предоставляет возможность искать широкий спектр различных сайтов связывания факторов транскрипции. В системе встроены несколько наборов оптимизированных пороговых значений для матриц, обеспечивающих разнообразные режимы поиска разной строгости. Пользователь может создавать и сохранять собственные профили пользователя, представляющие собой выбранные подмножества матриц с использованием стандартных или заданных пользователем пороговых значений. Кроме того предоставлены ряд тканеспецифических профилей, составленных командой TRANSFAC. Публичная версия инструмента Match доступна по адресу http://www.gene-regulation.com/pub/programs.html#match. Та же программа с другим веб-интерфейсом доступна по адресу http://compel.bionet.nsc.ru/Match/Match.html. Расширенная версия инструмента под названием Match Professional доступна по адресу http://www.biobase.de.