Компьютерное предсказание белок–белковых взаимодействий в макрофагах человека

ВВЕДЕНИЕ: Анализ сетей белок–белковых взаимодействий (PPI) имеет большое значение для расшифровки и понимания сложной организации клеточных функций. Тем не менее большинство доступных сетей белок–белковых взаимодействий лишены контекста, то есть не содержат сведений о пространственных, временных или физиологических условиях, в которых могут происходить взаимодействия. В данной работе мы предлагаем протокол вывода наиболее вероятной сети белок–белковых взаимодействий (PPI) в макрофагах человека. РЕЗУЛЬТАТЫ: Мы интегрировали набор данных о PPI из Agile Protein Interaction DataAnalyzer (APID) с различными метаданными, чтобы с использованием совокупности статистических методов вывести контекстуализированный макрофаг-специфичный интерактом. Полученный интерактом обогащён экспериментально подтверждёнными взаимодействиями и белками, участвующими в биологических процессах, связанных с макрофагами, таких как активация иммунного ответа и регуляция апоптоза. В качестве примера применения мы использовали контекстуализированный интерактом для выявления клеточных процессов, индуцируемых инфекцией Mycobacterium tuberculosis. ЗАКЛЮЧЕНИЕ: Наше исследование подтверждает, что контекстуализация интерактомов повышает биологическую значимость биоинформатического анализа. В частности, изучение такой выведенной сети, а не сосредоточение только на уровне экспрессии генов, позволяет получить информацию о процессах, участвующих в ответе хозяина. Действительно, важные характеристики иммунного ответа, такие как апоптоз, выявляются только при рассмотрении взаимодействий на уровне белков.