Приложение SMART: интерактивное веб-приложение для комплексного анализа и визуализации метилирования ДНК

ВВЕДЕНИЕ: Интеллектуальный анализ данных The Cancer Genome Atlas (TCGA) значительно способствовал развитию исследований генома рака и предоставил исследователям рака беспрецедентные возможности. Однако существующие веб-приложения для анализа метилирования ДНК не в полной мере отвечают потребностям экспериментальных биологов, которым часто требуются дополнительные функции. РЕЗУЛЬТАТЫ: Для упрощения анализа метилирования ДНК мы представляем приложение SMART (Shiny Methylation Analysis Resource Tool) — удобное веб-приложение для комплексного анализа данных о метилировании ДНК из проекта TCGA. Приложение SMART объединяет мультиомные и клинические данные с данными о метилировании ДНК и предоставляет основные интерактивные и настраиваемые функции, включая визуализацию CpG-сайтов, панканцерный профиль метилирования, анализ дифференциального метилирования, корреляционный анализ и анализ выживаемости, позволяя пользователям многомерно анализировать метилирование ДНК при различных типах рака. ЗАКЛЮЧЕНИЕ: Приложение SMART предоставляет новый подход к анализу научных больших данных и проведению интеллектуального анализа данных, особенно для специалистов, работающих в лаборатории и не имеющих навыков программирования. Приложение SMART доступно по адресу: http://www.bioinfo-zs.com/smartapp.