Секвенирование 16S методом нанопорового анализа повышает выявляемость бактериального менингита после нейрохирургических операций

ЦЕЛЬ: Нозокомиальный бактериальный менингит является одним из основных осложнений после нейрохирургических операций. Для оценки бактериального менингита у пациентов, перенесших нейрохирургическую операцию, мы выполнили ампликонное секвенирование 16S методом нанопорового анализа образцов спинномозговой жидкости (СМЖ). МЕТОДЫ: В исследование включали пациентов, обращавшихся в отделение нейрохирургии Сеульского национального университетского госпиталя в период с июля 2017 года по июнь 2020 года, у которых клинически подозревался бактериальный менингит. Из образцов СМЖ выполняли ПЦР ДНК 16S, после чего проводили нанопоровое секвенирование продолжительностью до 3 ч. Полученные прочтения сопоставляли с базой данных BLAST. В каждом случае одновременно выполняли посев и ампликонный анализ гена 16S рРНК, сравнивали их результаты и ретроспективно изучали медицинскую документацию. Достоверную инфекцию определяли при совпадении результатов стандартного культурального исследования и секвенирования; при расхождении результатов двух методов диагноз устанавливали клинически. РЕЗУЛЬТАТЫ: Из 285 образцов, полученных от 178 пациентов, которым выполняли ПЦР ДНК 16S, в 41 образце (14,4%) была диагностирована достоверная инфекция. В общей сложности в 56,1% (23/41) образцов с достоверной инфекцией культуральное исследование дало ложноотрицательный результат. В частности, ампликонное секвенирование 16S было полезно при первичном обследовании пациентов с инфекцией на фоне внутрижелудочкового кровоизлияния (частота ложноотрицательных результатов культурального исследования = 100%), субарахноидального кровоизлияния (77,8%) и системного рака (100%), которые являются факторами риска центральной лихорадки. Кроме того, ампликонное секвенирование 16S могло указывать на возможность персистирующего бактериального менингита при эмпирической антибиотикотерапии. ЗАКЛЮЧЕНИЕ: Нанопоровое секвенирование 16S образцов СМЖ оказалось более эффективным, чем стандартное культуральное исследование СМЖ, для диагностики послеоперационного бактериального менингита и может способствовать принятию обоснованных доказательствами решений о продолжении или прекращении антибиотикотерапии.