ICEberg: веб-ресурс интегративных и конъюгативных элементов, обнаруженных у бактерий

ICEberg (http://db-mml.sjtu.edu.cn/ICEberg/) — интегрированная база данных, содержащая исчерпывающую информацию об интегративных и конъюгативных элементах (ICE), обнаруженных у бактерий. ICE представляют собой конъюгативные самопередающиеся элементы, способные интегрироваться в хромосому хозяина и вырезаться из неё. ICE содержит три типичных модуля — интеграции и вырезания, конъюгации и регуляции, — которые совместно обеспечивают вертикальное наследование и периодический латеральный перенос генов. Многие ICE несут потенциальные детерминанты вирулентности, факторы антибиотикорезистентности и/или гены, кодирующие другие полезные признаки. ICEberg представляет собой уникальный, высокоорганизованный и удобный для изучения архив данных об ICE, полученных как в результате прогнозирования, так и экспериментально подтверждённых. В настоящее время он содержит сведения о 428 ICE, обнаруженных у представителей 124 видов бактерий, а также собрание из более чем 400 непосредственно связанных публикаций. Через ICEberg доступен широкий набор инструментов для поиска сходных последовательностей, выравнивания последовательностей, просмотра геномного окружения, филогенетического и другого функционального анализа. Мы предполагаем, что ICEberg будет способствовать эффективному, междисциплинарному и инновационному изучению бактериальных ICE и представит особый интерес для исследователей, работающих в таких широких областях, как эволюция прокариот, патогенез, биотехнология и метаболизм. База данных ICEberg будет регулярно поддерживаться, обновляться и совершенствоваться, чтобы обеспечить её максимальную долгосрочную полезность для научного сообщества.