Упорядоченная с помощью захвата конформации хромосом последовательность генома ячменя
A chromosome conformation capture ordered sequence of the barley genome
2017-04-01
SCID: 54.1/98d7tyaa
Discuss with AI
секвенирование Hi-Cреференсный геном ячменязахват конформации хромосомсборка геномаперицентромерные области
Figures from the paper
Abstract (AI)
Злаки трибы Triticeae были основным источником пищи в умеренных регионах с начала развития земледелия. Их крупные геномы характеризуются высоким содержанием повторяющихся элементов и обширными перицентромерными областями, практически лишёнными мейотической рекомбинации. Здесь мы представляем высококачественную сборку референсного генома ячменя (Hordeum vulgare L.). Мы используем картирование с помощью захвата конформации хромосом для определения линейного порядка последовательностей в перицентромерном пространстве и изучения пространственной организации хроматина в ядре с разрешением в мегабазах. Состав генов и повторяющихся элементов различается в дистальных и проксимальных областях. Анализ семейств генов выявляет специфичные для данной эволюционной линии дупликации генов, участвующих в транспорте питательных веществ к развивающимся семенам и мобилизации углеводов в зерновках. Мы демонстрируем значение референсной последовательности ячменя для селекции, исследуя геномное распределение вариабельности последовательностей в современном элитном генетическом материале и выделяя области, уязвимые для генетической эрозии. Международный консорциум по секвенированию генома ячменя сообщает о секвенировании и сборке референсного генома ячменя Hordeum vulgare. Злаки трибы Triticeae, включающей ячмень, пшеницу и рожь, являются широко культивируемыми растениями с особенно сложными геномами и эволюционной историей. Секвенирование генома ячменя было особенно сложным из-за его большого размера и специфических особенностей генома, таких как обилие повторяющихся элементов. Нильс Штайн и его коллеги из Международного консорциума по секвенированию генома ячменя сообщают о секвенировании и сборке референсного генома ячменя (Hordeum vulgare L.). Они используют комбинированный подход, включающий иерархическое дробовое секвенирование бактериальных искусственных хромосом, картирование генома на наноразмерных канальных матрицах и создание хромосомномасштабного каркаса с помощью секвенирования Hi-C. Это обеспечивает первую всеобъемлющую, полностью упорядоченную сборку перицентромерных областей генома представителя трибы Triticeae.
Key Findings
1
Создана высококачественная комплексная референсная сборка генома ячменя (Hordeum vulgare), несмотря на его большой размер и высокое содержание повторяющихся элементов.
2
Картирование с помощью захвата конформации хромосом (Hi-C) установило линейный порядок последовательностей в перицентромерных областях и охарактеризовало пространственную организацию хроматина в масштабе мегабаз.
3
Состав генов и повторяющихся элементов различается между дистальными и проксимальными участками хромосом, что выявляет выраженную геномную сегментацию.
4
Выявлены видоспецифичные дупликации генов, участвующих в транспортировке питательных веществ к развивающимся семенам и мобилизации углеводов в зерне.
5
Референсный геном позволил проанализировать распределение вариаций последовательности в современном элитном генофонде ячменя и выявить регионы, уязвимые к генетической эрозии.
Research Object
Референсная сборка генома ячменя (Hordeum vulgare L.) с упорядоченной последовательностью с использованием chromosome conformation capture
Research Subject
линейный порядок геномных последовательностей, пространственная организация хроматина и региональное распределение генов, повторяющихся элементов и вариаций последовательности
Publication Details
Publication Date
2017-04-01
Journal
Publisher
ISSN
Open access PDF
Access Type
Author Information
Download PDF
Subscribe to digest