Полный геном человека, полученный методом массово параллельного секвенирования ДНК

Технологии секвенирования нового поколения революционизируют геномику человека, обещая быстрое и недорогое получение черновых геномных последовательностей. Одна из таких технологий была использована для анализа значительной части генетического кода одного человека — им оказался Джеймс Д. Уотсон. Процедура, не требующая клонирования геномной ДНК, основана на использовании новейшего прибора для параллельного секвенирования 454. Получение последовательности обошлось менее чем в 1 миллион долларов США и заняло всего два месяца, тогда как стоимость секвенирования генома Крейга Вентера традиционными методами оценивалась примерно в 100 миллионов долларов США. Это по-прежнему масштабная задача, но еще один шаг на пути к «персонализированным геномам» и «персонализированной медицине». Представлена последовательность диплоидного генома одного человека — Джеймса Д. Уотсона, секвенированная с 7,4-кратной избыточностью за два месяца методом массового параллельного секвенирования в реакционных сосудах пиколитрового объема. Связь генетических вариаций с заболеваниями и ответом на лекарственные препараты, а также совершенствование технологий работы с нуклеиновыми кислотами породили большие надежды на влияние «геномной медицины». Однако огромный размер диплоидного генома человека¹, составляющий приблизительно 6 гигабаз, препятствовал рутинному применению методов секвенирования для расшифровки полных индивидуальных геномов человека. Для реализации всего потенциала геномики в интересах здоровья человека это ограничение необходимо преодолеть. Здесь мы сообщаем о последовательности ДНК диплоидного генома одного человека — Джеймса Д. Уотсона, секвенированной с 7,4-кратной избыточностью за два месяца методом массового параллельного секвенирования в реакционных сосудах пиколитрового объема. Эта последовательность была получена за два месяца примерно за одну сотую стоимости традиционных методов капиллярного электрофореза. Сопоставление последовательности с референсным геномом позволило выявить 3,3 миллиона однонуклеотидных полиморфизмов, из которых 10 654 вызывают замены аминокислот в кодирующей последовательности. Кроме того, мы точно идентифицировали небольшие структурные варианты размером 2–40 000 пар оснований (п. о.) ...