Реестр всех видов животных на основе ДНК: система штрихкодовых индексных номеров (BIN)

Поскольку многие виды животных остаются неописанными, а идентификация известных видов часто затруднена, при анализе биоразнообразия нередко используют временную таксономическую номенклатуру. Распределяя особей по предположительным видам, называемым операционными таксономическими единицами (OTU), такие системы ускоряют исследование закономерностей биоразнообразия и делают возможными исследования, которые в противном случае были бы невозможны. Хотя традиционно OTU разграничивали на основе морфологического различия, разграничение на основе ДНК не только осуществимо, но и обладает важными преимуществами. Присвоение OTU может быть автоматизировано, данные легко архивировать, а результаты — без труда сопоставлять между исследованиями. В настоящей работе эти преимущества используются для создания постоянного таксономического реестра видового уровня для царства животных, основанного на анализе закономерностей нуклеотидной изменчивости в штрихкодирующем участке гена цитохром-c-оксидазы I (COI). Сначала исследуется соответствие между группами образцов, отнесённых к определённому виду в результате предшествующей таксономической работы, и группами, выделенными на основе анализа вариабельности последовательностей COI с использованием одного нового алгоритма (RESL) и четырёх ранее разработанных алгоритмов (ABGD, CROP, GMYC и jMOTU). Далее описываются реализация и структурные характеристики системы штрихкодовых индексных номеров (BIN). Помимо практической роли в оценке биоразнообразия, BIN будут способствовать ревизионной таксономии, выявляя возможные случаи синонимии и объединяя географическую информацию, описательные метаданные и изображения образцов, которые, вероятно, принадлежат к одному и тому же виду, даже если этот вид ещё не описан. В настоящее время доступны веб-страницы более чем для 274 000 BIN, что формирует ресурс по биоразнообразию, рассчитанный на быстрый рост.