Идентификация сайтов связывания транскрипционных факторов с использованием ATAC-seq
Identification of transcription factor binding sites using ATAC-seq
2019-02-26
SCID: 54.1/ac2tjqrn
Discuss with AI
ATAC-seqHINT-ATACкомпьютерное футочное обнаружениестранд-специфическое расщеплениесмещение расщепления транспосазы
Figures from the paper
Abstract (AI)
Транспосазо-доступная хроматина с последующим секвенированием (ATAC-seq) — простой протокол для выявления открытой хроматиновой структуры. Вычислительный фу́тпринтинг, поиск областей с истощением событий клива (разрезов) вследствие связывания транскрипционных факторов, слабо изучен для ATAC-seq. Мы предлагаем первый метод фу́тпринтинга, учитывающий артефакты протокола ATAC-seq. HINT-ATAC использует модель зависимости от позиции для обучения предпочтений клива транспосазы. Мы наблюдаемStrand-специфические шаблоны клива вокруг сайтов связывания транскрипционных факторов, которые определяются локальной архитектурой нуклеосом. Включив все эти смещения, HINT-ATAC существенно превосходит конкурирующие методы в предсказании сайтов связывания транскрипционных факторов по фу́тпринтам.
Key Findings
1
ATAC-seq можно использовать для вычислительного обнаружения футпринтов, но он подвержен специфичным артефактам протокола, которые раньше не учитывались.
2
HINT-ATAC — первый метод футпринтинга, который явно моделирует артефакты протокола ATAC-seq с использованием модели зависимостей по позициям для предпочтений кливазы транспозазы.
3
Учет смещений кливазы транспозазы и спрат-специфичных паттернов, связанных с нуклеосомами, позволяет HINT-ATAC значительно превосходить конкурирующие методы в предсказании сайтов связывания ТФ по футпринтам.
4
Наблюдаются спрат-специфичные (по цепи) шаблоны разрезов вокруг сайтов связывания транскрипционных факторов, обусловленные локальной архитектурой нуклеосом.
Research Object
Сайты связывания транскрипционных факторов в областях открытой хроматина, обнаруженные с помощью ATAC-seq
Research Subject
Точное выявление/предсказание сайтов связывания транскрипционных факторов (компьютерное поиск «следов»/footprinting) на основе данных ATAC-seq с учётом смещений кливирования транспосазы, специфичных для цепи закономерностей и локальной нуклеосомной архитектуры с использованием HINT-ATAC
Publication Details
Publication Date
2019-02-26
Journal
Publisher
ISSN
Open access PDF
Access Type
Author Information
Download PDF
Subscribe to digest