Эффективная система получения маркированных генетических мутантов у представителей рода Burkholderia

Для выяснения функции гена у бактерий необходимо обеспечить возможность направленной инактивации гена (аллельной замены). Аллельную замену часто осуществляют путем нарушения структуры интересующего гена посредством вставки маркера устойчивости к антибиотику с последующим переносом мутантного аллеля в геном организма-хозяина на место гена дикого типа. Однако из-за природной устойчивости к многим антибиотикам у представителей рода Burkholderia, включая комплекс Burkholderia cepacia (Bcc), можно использовать лишь ограниченный набор маркеров устойчивости к антибиотикам. В данной работе описано создание усовершенствованных кассет устойчивости к антибиотикам, эффективно обеспечивающих устойчивость к канамицину, хлорамфениколу или триметоприму у представителей Bcc и родственных видов. Затем эти кассеты использовали совместно с рядом усовершенствованных суицидальных векторов либо для их конструирования; были получены векторы pSHAFT2, pSHAFT3 и pSHAFT-GFP, предназначенные для эффективной аллельной замены у представителей Bcc. Работоспособность усовершенствованных суицидальных векторов была подтверждена генетической инактивацией выбранных генов у видов Bcc Burkholderia cenocepacia и B. lata, а также у вида, не относящегося к Bcc, B. thailandensis.