Веб‑сервер Mfold для прогнозирования сворачивания и гибридизации нуклеиновых кислот

Mfold web server for nucleic acid folding and hybridization prediction
Michael Zuker
2003-06-24

сворачивание ДНКсворачивание РНКпрограммное обеспечение для сворачивания и гибридизацииmfold веб‑серверпредсказание вторичной структуры нуклеиновых кислот
Сокращённое наименование «mfold web server» обозначает ряд тесно связанных программных приложений, доступных в глобальной сети World Wide Web (WWW) для прогнозирования вторичной структуры однонитевых нуклеиновых кислот. Цель этого веб‑сервера — обеспечить широкий научный круг удобным доступом к программному обеспечению для сворачивания и гибридизации РНК и ДНК. Используя общедоступные веб‑GUI (графические пользовательские интерфейсы), сервер обходи́т проблему переносимости этого программного обеспечения. Для сворачивания отдельных последовательностей доступны детализированные результаты в виде графиков структур с указанием или без указания надёжности, графиков частоты однонитевых участков и «энергетических точечных диаграмм» (energy dot plots). Различные «оптовые» (bulk) серверы выдают меньше информации, но работают быстрее и могут обрабатывать до сотен последовательностей одновременно. Портал веб‑сервера mfold доступен по адресу http://www.bioinfo.rpi.edu/applications/mfold. Этот URL будет далее обозначаться как «MFOLDROOT».
1
Опции «bulk»‑сервера обрабатывают до сотен последовательностей быстрее, предоставляя менее детальную, но более высокопроизводительную информацию.
2
Подробные выходные данные включают графики структур (с опциональной информацией о надежности), графики частоты одноцепочек и энергетические точечные диаграммы для сворачивания отдельных последовательностей.
3
Веб‑портал mfold доступен по адресу http://www.bioinfo.rpi.edu/applications/mfold (именуемому MFOLDROOT).
4
Веб‑сервер mfold предоставляет ПО, доступное через WWW, для предсказания вторичной структуры одноцепочечных РНК и ДНК.
5
Графические веб‑интерфейсы обеспечивают портативность сервера и простой доступ инструментов сворачивания и гибридизации для широкого научного сообщества.

Веб‑сервер mfold для предсказания фолдинга и гибридизации нуклеиновых кислот (RNA и DNA)

Предсказание и представление вторичной структуры, фолдинга и гибридизации одноцепочечных нуклеиновых кислот (RNA и DNA), включая графики структур, информацию о надёжности, частоты появления одноцепочечных участков и энергетические dot‑плоты, а также возможности пакетной обработки

Publication Details
Publication Date
2003-06-24
Journal
Publisher
ISSN
Access Type
Author Information
Authors
Michael Zuker
Explore further
Open the scid.ai AI chat with a ready-made request: it will find papers on a similar topic and help build a literature review.
Find similar papers in the chat
Make a presentation
100%