Функциональное геномное разнообразие коррелирует с нейтральным геномным разнообразием в популяциях находящейся под угрозой исчезновения гремучей змеи

Согласно теории, генетическую эрозию в малых изолированных популяциях исчезающих видов можно оценивать с помощью показателей нейтральной генетической изменчивости, однако в эпоху геномики этот широко применяемый подход в последнее время подвергается сомнению. В настоящей работе мы использовали сборку генома находящейся под угрозой исчезновения гремучей змеи (Sistrurus catenatus) на хромосомном уровне в сочетании с данными полногеномного повторного секвенирования (N = 110 особей), чтобы оценить взаимосвязь между уровнями нейтрального и функционального разнообразия по всему геному в исторической и будущей временных перспективах. Как и предсказывалось, мы обнаружили положительные корреляции между общегеномными оценками нейтрального генетического разнообразия (π), предполагаемыми уровнями адаптивной изменчивости и оценкой мутационной нагрузки инбридинга, а также отрицательную связь между нейтральным разнообразием и оценкой мутационной нагрузки дрейфа. Однако для прогнозируемых будущих уровней нейтрального разнообразия, основанных на современных эффективных размерах популяции, эти корреляции были вдвое слабее. В целом наши результаты подтверждают, что оценки нейтрального генетического разнообразия обеспечивают точную меру генетической эрозии в популяциях позвоночных, находящихся под угрозой исчезновения. Они также уточняют содержание дискуссии о взаимосвязи нейтрального и функционального разнообразия, показывая, что, хотя эти корреляции существуют, антропогенное воздействие могло ослабить их в недавнем прошлом и в будущем.