Интернет‑доступная база последовательностей ДНК для идентификации Fusarium, вызывающих инфекции у людей и животных

Поскольку менее одной трети клинически значимых фузариев можно достоверно идентифицировать до видового уровня на основе фенотипических данных (т.е. морфологического распознавания видов), мы создали базу данных последовательностей ДНК по трем локусам для облегчения молекулярной идентификации 69 видов Fusarium, связанных с микозами человека или животных и встречающихся в клинических лабораториях микробиологии. База содержит частичные последовательности трех ядерных генов: фактор удлинения трансляции 1α (EF-1α), крупнейшая субъединица РНК‑полимеразы (RPB1) и вторая по величине субъединица РНК‑полимеразы (RPB2). Эти три фрагмента гена могут быть амплифицированы методом ПЦР и секвенированы с использованием праймеров, консервативных в пределах филогенетического разнообразия Fusarium. Филогенетический анализ комбинированного набора данных показывает, что за исключением двух монотипических линий, все клинически значимые фузарии входят в состав одной из восьми различной величины и с сильной статистической поддержкой видовых комплексо́в. Монофилетические линии были неформально названы для облегчения коммуникации о принадлежности изолята к кладе и его генетическом разнообразии. Для идентификации изолятов до видов, включенных в базу, частичные данные последовательностей ДНК одного или нескольких из трех генов могут быть использованы в качестве запроса BLAST к базе, которая доступна в веб‑режиме на FUSARIUM‑ID (http://isolate.fusariumdb.org) и в Централе за бюро по культтурам грибов (CBS‑KNAW) — Fungal Biodiversity Center (http://www.cbs.knaw.nl/fusarium). В качестве альтернативы изоляты можно идентифицировать с помощью филогенетического анализа, добавляя последовательности неизвестных образцов в выравнивание ДНК‑последовательностей, которое можно скачать с вышеуказанных сайтов. Полезность этой базы должна существенно возрасти по мере того, как специалисты клинической микробиологии будут депонировать в международно доступных коллекциях культур (например, CBS‑KNAW или Fusarium Research Center) культуры новых видов фузариев, ассоциированных с микозами, вместе с соответствующими, скорректированными хроматограммами последовательностей и данными, чтобы результаты секвенирования можно было верифицировать, а изоляты были доступны для последующих исследований.