База данных семейств белков Pfam
The Pfam protein families database
2009-11-17
SCID: 54.1/drvkeuu8
Discuss with AI
HMMER3база данных семейств белков Pfamрелиз Pfam 24.0профильные скрытые марковские моделибелковые домены
Figures from the paper
Abstract (AI)
Pfam — широко используемая база данных семейств и доменов белков. В статье описан ряд существенных обновлений, реализованных в последнем выпуске (версия 24.0). Наиболее важное изменение заключается в переходе на HMMER3 — последнюю версию популярного пакета профильных скрытых марковских моделей. Это программное обеспечение примерно в 100 раз быстрее HMMER2 и обладает большей чувствительностью благодаря регулярному использованию прямого алгоритма. Переход на HMMER3 потребовал многочисленных изменений в Pfam, которые подробно описаны в статье. Выпуск Pfam 24.0 содержит 11 912 семейств, значительная часть которых была существенно обновлена за последние два года. Pfam доступна через серверы в Великобритании (http://pfam.sanger.ac.uk/), США (http://pfam.janelia.org/) и Швеции (http://pfam.sbc.su.se/).
Key Findings
1
HMMER3 повышает чувствительность благодаря регулярному использованию алгоритма прямого прохода, что потребовало значительных изменений в Pfam.
2
Pfam доступен через серверы, расположенные в Великобритании, США и Швеции.
3
Выпуск Pfam 24.0 использует HMMER3, обеспечивая примерно 100-кратное ускорение поиска с помощью профильных скрытых марковских моделей по сравнению с HMMER2.
4
Версия 24.0 содержит 11 912 белковых семейств, многие из которых были существенно обновлены за предыдущие два года.
Research Object
База данных семейств и доменов белков Pfam (версия 24.0)
Research Subject
Крупные обновления базы данных, включая использование HMMER3 и обусловленные этим изменения в аннотировании семейств и доменов
Publication Details
Publication Date
2009-11-17
Journal
Publisher
ISSN
Open access PDF
Access Type
Author Information
Download PDF
Subscribe to digest