Дополнительные открытые рамки считывания в растительных LTR-ретротранспозонах

LTR-ретротранспозоны имеют общую геномную организацию, при которой за 5′-концевым длинным концевым повтором (LTR) следуют гены gag и pol, а последовательность завершается 3′-концевым LTR. Хотя белки, кодируемые генами gag и pol, считаются достаточными для осуществления транспозиции LTR-ретротранспозона, описан ряд элементов, несущих дополнительные открытые рамки считывания (aORF). В некоторых случаях наличие aORF можно объяснить явлением, сходным с трансдукцией генов ретровирусами; однако в этих случаях aORF присутствуют только в одной или нескольких копиях. Напротив, многие элементы содержат aORF или их производные во всех либо в большинстве своих копий. Эти aORF чаще располагаются между pol и 3′-LTR и могут находиться в прямой или антисмысловой ориентации относительно gag-pol. К прямым aORF относятся те, которые кодируют белки, подобные ENV; такое название обусловлено их структурным и функциональным сходством с ретровирусными белками ENV. Антисмысловые aORF между pol и 3′-LTR также встречаются относительно часто и, например, присутствуют в некоторых охарактеризованных семействах LTR-ретротранспозонов, таких как кукурузное Grande, рисовое RIRE2 и Silene Retand, хотя их возможные функции пока не установлены. В данной работе рассматриваются современные представления о таких прямых и антисмысловых aORF в растительных LTR-ретротранспозонах, а также предлагаются возможные объяснения их происхождения, эволюционного значения и функций.