MEGA11: Molecular Evolutionary Genetics Analysis версия 11

Программное обеспечение Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) развилось и теперь содержит большой набор методов и инструментов вычислительной молекулярной эволюции. В настоящей работе мы описываем новые дополнения, которые делают MEGA более универсальным инструментом для построения временных деревьев (timetrees) видов, патогенов и семейств генов с использованием быстрых методов со «релаксированными часами». Методы оценки времен дивергенции и доверительных интервалов реализованы с использованием плотностей вероятности для калибровочных ограничений при датировании узлов (node-dating) и дат отбора последовательностей для датирования по кончикам (tip-dating). Они поддерживаются новыми опциями для пометки последовательностей спатиотемпоральной информацией о выборке, расширенным интерактивным редактором Node Calibrations и расширенным Tree Explorer для отображения временных деревьев. Также добавлен байесовский метод оценки нейтральной эволюционной вероятности аллелей в видеe с использованием выравниваний последовательностей нескольких видов и метод машинного обучения для проверки автокорреляции скоростей эволюции в филогенезах. Требования к оперативной памяти для анализа методом максимального правдоподобия существенно снижены за счёт перепрограммирования, а графический пользовательский интерфейс стал более отзывчивым и интерактивным для очень больших наборов данных. Эти улучшения повысят удобство использования, качество результатов и темп биологических открытий. Нативно скомпилированные версии MEGA11 с графическим интерфейсом и командной строкой доступны для Microsoft Windows, Linux и macOS на www.megasoftware.net.