Геномика выявляет уникальный клон Burkholderia cenocepacia, несущий новый геномный остров, способный к активной эксцизии

Burkholderia cenocepacia является клинически доминирующим видом среди вирулентных видов комплекса Burkholderia cepacia (Bcc). В настоящем исследовании были секвенированы и проанализированы геномы семи нозокомиальных изолятов Bcc, пять из которых были выделены из образцов крови при инфекциях кровотока, а два — из больничной среды в ходе эпидемиологического надзора. Видовая идентификация изолятов Bcc на основе геномных данных с использованием типового штамма однозначно определила их как B. cenocepacia. Кроме того, анализ однонуклеотидных полиморфизмов показал, что шесть изолятов являются клонами и филогенетически отличаются от других изолятов B. cenocepacia. Сравнительный геномный анализ выявил увеличенный размер генома у шести клональных изолятов, а также наличие нового геномного острова размером 107 кб, обозначенного BcenGI15, который кодирует предположительно связанные с патогенностью гены. Мы показали, что BcenGI15 способен активно элиминироваться из генома с образованием внехромосомной кольцевой формы, что указывает на его мобильность. Неожиданно гомолог BcenGI15 также присутствовал в геноме клинического изолята Burkholderia pseudomallei, обозначенного как штамм EY1. Этот новый генетический элемент присутствует только у вариантов изолятов B. cenocepacia и B. pseudomallei, что указывает на его межвидовое распространение среди основных патогенных видов рода Burkholderia. Таким образом, полногеномный анализ генетически обособленных клинических изолятов B. cenocepacia расширил наши представления об эпидемиологии и эволюции этого важного нозокомиального патогена и его близкородственных видов.