База данных STRING в 2021 году: настраиваемые белок–белковые сети и функциональная характеристика загружаемых пользователем наборов генов/измерений

Клеточная жизнь зависит от сложной сети функциональных ассоциаций между биомолекулами. Среди этих ассоциаций взаимодействия белок–белок особенно важны из-за своей универсальности, специфичности и адаптивности. База данных STRING нацелена на интеграцию всех известных и предсказанных ассоциаций между белками, включая как физические взаимодействия, так и функциональные связи. Для этого STRING собирает и оценивает доказательства из ряда источников: (i) автоматизированный текстовый майнинг научной литературы, (ii) базы данных экспериментальных взаимодействий и аннотированных комплексов/путей, (iii) вычислительные предсказания взаимодействий на основе коэкспрессии и сохраненного геномного контекста и (iv) систематическая передача доказательств взаимодействий от одного организма к другому. STRING стремится к широкому охвату; предстоящая версия ресурса 11.5 будет содержать более 14 000 организмов. В этом обзорном обновлении мы описываем изменения в системе текстового майнинга, новый режим оценки для физических взаимодействий, а также обширные функции пользовательского интерфейса для настройки, расширения и совместного использования белковых сетей. Кроме того, мы описываем, как выполнять запросы к STRING с данными экспериментов на уровне генома, включая автоматическое обнаружение обогащенных функциональностей и потенциальных смещений в данных запроса пользователя. Ресурс STRING доступен онлайн по адресу https://string-db.org/.