ACPYPE — интерфейс парсера AnteChamber на языке Python

АКТУАЛЬНОСТЬ: ACPYPE (или AnteChamber PYthon Parser interfacE) представляет собой скрипт-обёртку для программного обеспечения ANTECHAMBER, упрощающий создание топологий и параметров малых молекул для различных программ молекулярной динамики, таких как GROMACS, CHARMM и CNS. Он написан на языке Python и разработан как инструмент взаимодействия с другими приложениями на основе Python, такими как программный пакет CCPN (для анализа данных ЯМР) и ARIA (для расчёта структур по данным ЯМР). ACPYPE является программным обеспечением с открытым исходным кодом, распространяемым по лицензии GNU GPL v3, и доступен в виде автономного приложения по адресу http://www.ccpn.ac.uk/acpype и веб-портала по адресу http://webapps.ccpn.ac.uk/acpype. РЕЗУЛЬТАТЫ: Топологии, сгенерированные ACPYPE, были проверены тремя способами: сравнением со стандартными топологиями AMBER для стандартных аминокислот; генерацией и проверкой топологий для большого набора лигандов из PDB; а также повторным расчётом структур пяти белково-лигандных комплексов из PDB. ВЫВОДЫ: ACPYPE представляет собой инструмент, упрощающий автоматическую генерацию топологий и параметров в различных форматах для разных программ молекулярной механики, включая расчёт частичных зарядов; объектно-ориентированная архитектура инструмента облегчает его интеграцию с другими приложениями.