Генетическое разнообразие комплекса Mycobacterium tuberculosis: анализ четвертой международной базы данных сполиготипирования (SpolDB4) для классификации, популяционной генетики и эпидемиологии
Mycobacterium tuberculosis complex genetic diversity: mining the fourth international spoligotyping database (SpolDB4) for classification, population genetics and epidemiology
2006-03-06
SCID: 54.1/gwwybz8e
Discuss with AI
комплекс Mycobacterium tuberculosisсмесь моделей Наивного Байесабаза данных SpolDB4популяционная генетикасполиготипирование
Figures from the paper
Abstract (AI)
ВВЕДЕНИЕ: Локус Direct Repeat комплекса Mycobacterium tuberculosis (MTC) относится к семейству последовательностей CRISPR (кластеризованные регулярно расположенные короткие палиндромные повторы, разделенные уникальными последовательностями). Сполиготипирование представляет собой широко используемый метод блоттинга на основе ПЦР с обратной гибридизацией, позволяющий оценивать генетическое разнообразие этого локуса и применяемый в клинической лабораторной диагностике, молекулярной эпидемиологии, эволюционных исследованиях и популяционной генетике. Метод прост, надежен, недорог и обеспечивает получение высокоразнообразных числовых результатов, пригодных для переноса и сопоставления, благодаря сочетанию (1) полиморфизма уникальных событий (UEP) и (2) генетической рекомбинации, опосредованной инсерционными последовательностями. Генетическая конвергенция, хотя и редко, также была ранее продемонстрирована. Три предыдущие международные базы данных сполиготипов частично выявили глобальную и локальную географическую структуру популяций бацилл MTC; однако существовала необходимость в создании новой, более репрезентативной и расширенной международной базы данных сполиготипирования. РЕЗУЛЬТАТЫ: Четвертая международная база данных сполиготипирования SpolDB4 содержит сведения о 1 939 общих типах (ST), представляющих в общей сложности 39 295 штаммов из 122 стран, которые предварительно классифицированы на 62 клады/линии с использованием комбинированного экспертного и биоинформатического подхода. Обновление SpolDB4 добавляет 26 новых потенциально специфичных для определенных филогеографических регионов семейств генотипов MTC. База данных дает более ясное представление о современном геномном разнообразии MTC, а также о взаимосвязях между исследованными генетическими признаками (сполиготипами), внутривидовой классификацией и эволюционной историей вида. Независимый анализ с использованием смеси моделей наивного байесовского классификатора подтвердил большинство результатов предыдущей классификации SpolDB3, выполненной с учителем, что подтверждает полезность моделей с учителем и без учителя для понимания структуры популяции MTC. Также представлены обновленные данные об эпидемиологическом статусе сполиготипов и карты генетической распространенности для шести основных линий. Наши результаты предполага...
Key Findings
1
Независимый анализ смешанной модели Naïve Bayes подтвердил большинство предыдущих классификаций SpolDB3, поддержав совместное использование контролируемых и неконтролируемых методов для изучения структуры популяций MTC.
2
SpolDB4 добавляет 26 потенциально специфичных для определённых географических регионов семейств генотипов MTC, улучшая представление глобального геномного разнообразия.
3
SpolDB4 включает 1 939 общих типов, представляющих 39 295 штаммов комплекса Mycobacterium tuberculosis из 122 стран.
4
База данных содержит обновлённые сведения об эпидемиологическом статусе сполиготипов и карты генетической распространённости для шести основных линий MTC.
5
Эти сполиготипы предварительно классифицированы на 62 клады или линии MTC с использованием экспертного анализа и биоинформатики.
Research Object
Штаммы комплекса Mycobacterium tuberculosis (MTC) и разнообразие сполиготипов их локуса Direct Repeat
Research Subject
Генетическая классификация, популяционная структура, филогеографические взаимосвязи, эволюционная история и эпидемиологическое распределение сполиготипов MTC
Publication Details
Publication Date
2006-03-06
Journal
Publisher
ISSN
Open access PDF
Access Type
Author Information
Download PDF
Subscribe to digest