Множественное выравнивание последовательностей с иерархической кластеризацией

Представлен алгоритм множественного выравнивания последовательностей, белковых или нуклеотидных, который одновременно точен и прост в использовании на микрокомпьютерах. Подход основан на традиционном методе динамического программирования для попарного выравнивания. Сначала выполняется иерархическая кластеризация последовательностей с использованием матрицы баллов попарного выравнивания. Наиболее близкие последовательности выравниваются, формируя группы выровненных последовательностей. Затем близкие группы выравниваются до тех пор, пока все последовательности не объединятся в одну группу. Попарные выравнивания, включённые в множественное выравнивание, образуют новую матрицу, которая используется для построения иерархической кластеризации. Если она отличается от первоначальной, процесс может быть повторён итеративно. Метод иллюстрируется примером: глобальным выравниванием 39 последовательностей цитохрома c.