Внутритуморная клеточная гетерогенность в клеточных линиях глиобластомы, полученных от пациентов, выявленная с помощью одноядерного РНК-секвенирования

Клеточные линии глиобластомы, полученные от разных пациентов, широко используются в исследованиях онкобиологии и скрининге лекарств. Ключевой особенностью глиобластомы является высокий уровень меж- и внутритуморной гетерогенности, обеспечивающей устойчивость к лечению. Наша цель состояла в том, чтобы выяснить, сохраняется ли внутритуморная гетерогенность в клеточных моделях. Для исследования клеточного состава образца опухоли и шести клеточных линий глиобластомы, полученных от пациентов, использовали одноядерное (single-cell) РНК-секвенирование. Три клеточные линии сохранили мутационный профиль исходной опухоли, тогда как три другие отличались от своих прародителей. Анализ вариаций числа копий показал существенные перестройки геномов во всех клеточных линиях и в образце опухоли. Опухоль имела наиболее сложный клеточный состав, включающий раковые клетки и клетки микросреды. Клеточные линии с консервативным геномом характеризовались меньшим разнообразием клеточных популяций, при культивировании в них отмечалось относительное увеличение предшественников, происходящих от стволовых клеток. Клеточные линии с геномами, отличными от геномов первичных опухолей, в основном содержали нейральные прогениторные клетки и клетки микросреды. Установление клеточных линий без драйверных мутаций, присущих исходным опухолям, может быть связано с отбором клонов или популяций клеток в процессе культивирования. Таким образом, клеточные линии глиобластомы, полученные от пациентов, существенно различаются по своему клеточному профилю, что следует учитывать в трансляционных исследованиях.