Метагеномика для содействия диагностике инфекций кровотока

ПРЕДПОСЫЛКИ: Метагеномное секвенирование нового поколения (mNGS) стало перспективной технологией, позволяющей выявлять широкий спектр патогенов из образцов любого происхождения. Однако его клиническая полезность и практическая интеграция в рабочий процесс клинической микробиологии и алгоритм выявления инфекций кровотока пока остаются недостаточно изученными. В контексте инфекций кровотока хорошо известны проблемы, связанные с посевом крови, включая чувствительность метода, проведение исследования после начала антибиотикотерапии, получение достаточного объема образца и время получения результата. Молекулярные методы позволили сократить время получения результата, особенно при их непосредственном применении к положительным флаконам с культуральной средой. mNGS представляет собой непредвзятую, но более сложную разновидность молекулярного исследования, выполняемого непосредственно из образца; однако остается неясным, каким образом и следует ли вообще внедрять его сегодня в лаборатории клинической микробиологии. СОДЕРЖАНИЕ: В настоящей работе рассматриваются потенциальная полезность и области применения тестов mNGS для диагностики инфекционных заболеваний по образцам крови, включая внутренние ограничения метода при диагностике инфекций кровотока и сепсиса по сравнению с ДНКемией, существующие барьеры для интеграции в стандартное диагностическое обследование и этапы, которые, возможно, необходимо пройти до внедрения. РЕЗЮМЕ: Полимеразы и нанопоры движутся быстрее, чем делятся бактерии, поэтому термодинамические предпосылки внедрения mNGS для диагностики инфекций кровотока благоприятны. Тем не менее существуют значительные активационные барьеры, которые замедлят этот вероятный диагностический переход. Мы с нетерпением ожидаем производителя, который разработает интегрированную систему «от образца до результата» и обеспечит для mNGS то же, что уже сделано для других аспектов молекулярной диагностики.