SEED и быстрая аннотация микробных геномов с использованием технологии подсистем (RAST)

В 2004 году была создана система SEED (http://pubseed.theseed.org/) для обеспечения согласованной и точной аннотации геномов в тысячах геномов, а также в качестве платформы для выявления и разработки аннотаций de novo. SEED представляет собой постоянно обновляемую интеграцию геномных данных, базы данных геномов, веб-интерфейса, API и серверных скриптов. Многие ученые используют ее для предсказания функций генов и выявления новых путей. Помимо того что SEED является мощной базой данных для биоинформатических исследований, она содержит подсистемы (совокупности функционально родственных белковых семейств) и производные от них FIGfams (белковые семейства), которые составляют основу аннотационного механизма RAST (http://rast.nmpdr.org/). Когда новый геном загружается в RAST, в нем выявляются гены, а их аннотация выполняется путем сравнения с коллекцией FIGfam. Если геном становится общедоступным, он размещается в SEED, а его белки пополняют коллекцию FIGfam. Этот цикл аннотации оказался надежным и масштабируемым решением проблемы аннотирования экспоненциально увеличивающегося числа геномов. На сегодняшний день более 12 000 пользователей по всему миру аннотировали с помощью RAST более 60 000 различных геномов. В настоящей работе описаны взаимосвязь базы данных SEED и RAST, конвейер аннотации RAST, а также обновления обоих ресурсов.