Международное исследование по оценке методов ПЦР для выявления ДНК Trypanosoma cruzi в образцах крови пациентов с болезнью Шагаса

ОБОСНОВАНИЕ: Через столетие после открытия болезнь Шагаса по-прежнему представляет собой серьезную угрозу среди забытых тропических заболеваний. Точные диагностические инструменты, а также суррогатные маркеры паразитологического ответа на лечение являются приоритетными направлениями исследований в этой области. Целью настоящего исследования была оценка эффективности методов ПЦР для выявления ДНК Trypanosoma cruzi посредством внешней оценки качества. МЕТОДОЛОГИЯ/РЕЗУЛЬТАТЫ: Международное совместное исследование было инициировано экспертными лабораториями ПЦР из 16 стран. Используемые в настоящее время стратегии проверяли на серийных разведениях очищенной ДНК из штаммов, представляющих дискретные типирующие единицы (DTU) T. cruzi I, IV и VI (набор A); человеческой крови с добавленными клетками паразита (набор B); и образцах крови, обработанных гуанидин-гидрохлоридом и ЭДТА, полученных от 32 сероположительных и 10 серонегативных пациентов из стран Южного конуса (набор C). Для набора A были представлены результаты 48 ПЦР-тестов, а для наборов B и C — по 44 теста; 28 тестов были направлены на выявление ДНК миниколец (kDNA), 13 — сателлитной ДНК (Sat-DNA), а остальные — последовательностей с низким числом копий. В наборе A коммерческие мастер-миксы и ПЦР в реальном времени для Sat-DNA демонстрировали более высокую специфичность, тогда как ПЦР для kDNA была более чувствительной при выявлении ДНК DTU I. В наборе B коммерческие наборы для выделения ДНК характеризовались более высокой специфичностью по сравнению с протоколами экстракции растворителями. ПЦР-тесты для Sat-DNA имели более высокую специфичность и чувствительность 0,05–0,5 паразита/мл, тогда как специфичные тесты для kDNA выявляли 5.10(-3) паразита/мл. Шестнадцать специфичных и согласованных методов показали хорошую эффективность в обоих наборах A и B (10 фг/мкл ДНК из всех штаммов и 5 паразитов/мл в образцах крови с добавленным паразитом). Медианные значения чувствительности, специфичности и точности, полученные при исследовании образцов набора C с помощью 16 тестов, признанных эффективными на основании анализа образцов наборов A и B, значительно варьировали. Среди них четыре метода продемонстрировали лучшие показатели во всех трех наборах образцов: они выявляли не менее 10 фг/мкл для каждой ДНК-матрицы и 0,5 паразита/мл; чувствительность составляла 83,3–94,4%, специфичность — 85–95%, а точность —...