Gabedit — графический интерфейс для программ вычислительной химии
Gabedit—A graphical user interface for computational chemistry softwares
2010-07-07
SCID: 54.1/p25su2hu
Discuss with AI
Gabedit GUIинтерфейсы для программ вычислительной химиипоиск конформаций (молекулярная механика; полуэмпирические методы)визуализация и анализ молекулквантово-механический электростатический потенциал (уравнение Пуассона, мультисеточный метод)
Figures from the paper
Abstract (AI)
Gabedit — это бесплатный графический интерфейс, обеспечивающий предварительную и последующую обработку, адаптированную к девяти пакетам программ вычислительной химии. Он включает инструменты для редактирования, визуализации, анализа, конвертации и анимации молекулярных систем. Инструмент поиска конфигураций реализован с использованием молекулярной механики или полупэмпирического потенциала. Для поддерживаемого Gabedit программного обеспечения вычислительной химии могут генерироваться входные файлы. Некоторые интересующие молекулярные свойства обрабатываются непосредственно из выходных данных программ вычислительной химии; другие вычисляются Gabedit перед отображением. Могут отображаться молекулярные орбитали, электронная плотность, электростатический потенциал, плотность магнитного экранирования в ЯМР и другие объемные данные. После свёртки он может отображать рассчитанные спектры электронной круговой дихроизма, УФ–видимого диапазона, инфракрасные и комбинационного рассеяния (Рамановские) спектры. Gabedit может генерировать файл для POV-Ray для геометрии, поверхностей, контуров и цвето-кодированных плоскостей. Вывод может экспортироваться в ряд популярных форматов растровой и векторной графики; программа также может генерировать серию изображений для анимации. Квантово-механические электростатические потенциалы могут быть рассчитаны с использованием частичных зарядов на атомах или путем решения уравнения Пуассона методом многосеточной (multigrid) алгоритма. Также могут быть рассчитаны заряды «atoms-in-molecule». Gabedit независим от платформы. Исходный код распространяется под бесплатной открытой лицензией в стиле X11 и доступен по адресу http://gabedit.sourceforge.net/.
Key Findings
1
Gabedit может вычислять квантовомеханические электростатические потенциалы с использованием частичных зарядов или решения уравнения Пуассона методом многосеток, а также рассчитывать заряды атомов в молекуле.
2
Gabedit может отображать молекулярные орбитали, плотность электронов, электростатический потенциал, плотность химического сдвига ЯМР и другие объемные данные, а также вычислять/визуализировать спектры (ЭКД, УФ-видимые, ИК, Раман) после свертки.
3
Gabedit экспортирует графику (включая файлы Povray) и анимации в различные форматы изображений и векторной графики и распространяется под свободной открытой лицензией X11.
4
В Gabedit реализован инструмент конформационного поиска с использованием молекулярной механики или полупэмпирических потенциалов.
5
Gabedit — бесплатный, независимый от платформы графический интерфейс, поддерживающий пред- и постобработку для девяти пакетов программ по вычислительной химии.
6
Gabedit предоставляет инструменты для редактирования, отображения, анализа, конвертации и анимации молекулярных систем, включая генерацию входных файлов для поддерживаемых программ.
Research Object
Графический интерфейс Gabedit для программ вычислительной химии
Research Subject
Возможности и функционал для пред- и постобработки, визуализации, анализа, конвертации файлов, конформационного поиска и генерации/отображения молекулярных свойств и спектров для ряда пакетов вычислительной химии
Publication Details
Publication Date
2010-07-07
Journal
Publisher
ISSN
Open access PDF
Access Type
Author Information
Download PDF
Subscribe to digest