Новый ICE-подобный элемент Tn4371 у Ralstonia pickettii и поиск сравнительных элементов в геномах

ВВЕДЕНИЕ: Интегративные конъюгативные элементы (ICE) являются важными факторами пластичности микробных геномов. Элемент, родственный ICE Tn4371, был обнаружен при биоинформатическом анализе генома Ralstonia pickettii 12J. Этот элемент был проанализирован, после чего были проведены дополнительные поиски аналогичных элементов. Для выявления и характеристики новых элементов данного типа на основе этого каркаса был разработан метод ПЦР, а коллекция из 58 штаммов Ralstonia pickettii и Ralstonia insidiosa была исследована на наличие этого элемента. РЕЗУЛЬТАТЫ: Сравнительный анализ последовательностей бактериальных геномов выявил наличие нескольких неохарактеризованных ICE, подобных Tn4371, в геномах различных представителей классов Betaproteobacteria и Gammaproteobacteria. Эти элементы различаются по размеру, содержанию GC и предполагаемым функциям и имеют мозаичную структуру, включающую плазмидоподобные и фагоподобные последовательности, что характерно для ICE, подобных Tn4371. Эти элементы были выявлены в результате тщательного поиска в базе данных GenBank. Элементы, обнаруженные у представителей родов Ralstonia, Delftia, Acidovorax, Bordetella, Comamonas, Congregibacter, Shewanella, Pseudomonas, Stenotrophomonas, Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7, Polaromonas, Burkholderia и Diaphorobacter sp., имеют общий каркас. Для выявления и характеристики новых элементов этого типа был разработан метод ПЦР на основе ICE-подобного элемента Tn4371, обнаруженного в геноме Ralstonia pickettii 12J. ЗАКЛЮЧЕНИЕ: Все элементы, выявленные в данном исследовании, имеют общий каркас основных генов, но содержат различные вспомогательные гены. Предложена новая унифицированная номенклатура для ICE семейства Tn4371. С помощью описанного метода ПЦР были обнаружены и охарактеризованы два новых ICE, подобных Tn4371, в двух различных изолятах Ralstonia pickettii, выделенных из лабораторно очищенной воды.