Транспонируемые элементы вносят вклад в состав генов грибов и влияют на образ жизни грибов

За последнее десятилетие накопилось всё больше экспериментальных данных о влиянии мобилома на экспрессию генов хозяина. Мы систематически проанализировали геномное расположение транспонируемых элементов (ТЭ) в 625 общедоступных геномах грибов из базы данных NCBI, чтобы изучить их потенциальную роль в эволюции генома и связь с образом жизни видов. Мы обнаружили, что неавтономные ТЭ и сохранившиеся копии равномерно распределены по геномам. Поэтому они также часто перекрываются с областями, аннотированными как гены, что указывает на значительный вклад последовательностей, происходящих от ТЭ, в кодирующую часть генома хозяина. Более молодые и потенциально активные ТЭ кластеризуются друг с другом вдали от генных областей. Такая неслучайность распределения свидетельствует либо о действии отбора против вставки ТЭ вблизи генов, либо о предпочтении определённых сайтов-мишеней некоторыми типами ТЭ. Белки, кодируемые генами со старыми вставками транспонируемых элементов, содержат значительно меньше повторных мотивов и мотивов белок–белкового взаимодействия, но богаче ферментативными доменами. Однако гены, расположенные лишь в непосредственной близости к ТЭ, не демонстрируют функционального обогащения. Наши результаты показывают, что адаптивные случаи вставки ТЭ остаются маргинальным явлением, тогда как подавляющее большинство ТЭ эволюционирует нейтрально. В конечном итоге у грибов, связанных с животными, и у патогенных грибов в гены встроено больше ТЭ, чем у грибов с другими образами жизни. Это первое систематическое исследование мобильных элементов и их геномного окружения, охватывающее всё царство грибов. Полученные результаты должны стимулировать дальнейшее изучение роли ТЭ в эволюции и того, как они формируют известный нам мир живого.