Быстрый метод совместной экстракции ДНК и РНК из природных сред для анализа состава микробных сообществ на основе рибосомной ДНК и рРНК

Rapid Method for Coextraction of DNA and RNA from Natural Environments for Analysis of Ribosomal DNA- and rRNA-Based Microbial Community Composition
Robert I. Griffiths, Andrew S. Whiteley, Anthony G. O’Donnell, Mark Bailey
2000-12-01
SCID:  54.1/pr9kk2m5 Discuss with AI
разнообразие 16S рРНКсовместная экстракция ДНК и РНКденатурирующий градиентный гель-электрофорезмикробные сообщества луговой почвыОТ-ПЦР
Abstract (AI)
Описан быстрый протокол выделения суммарных нуклеиновых кислот из образцов окружающей среды. Метод позволяет одновременно оценивать разнообразие 16S рРНК микроорганизмов посредством амплификации методом ПЦР и полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР) из одной экстракции. Анализ микробного сообщества методом денатурирующего градиентного гель-электрофореза позволил дифференцировать активный компонент (полученный на основе рРНК) и общее бактериальное разнообразие (полученное на основе рибосомной ДНК) по горизонтам сформировавшейся луговой почвы.
Key Findings
1
Разработан быстрый протокол выделения суммарных нуклеиновых кислот из образцов окружающей среды для одновременного анализа микробных сообществ по ДНК и РНК.
2
Один этап экстракции позволяет оценивать разнообразие 16S рРНК микроорганизмов с помощью ПЦР и ОТ-ПЦР.
3
Денатурирующий градиентный гель-электрофорез различал активное микробное сообщество по рРНК и общее бактериальное разнообразие по рибосомной ДНК.
4
Метод выявил различия между активным и общим составом бактериального сообщества в почвенных горизонтах сформировавшегося лугового сообщества.
Research Object

Микробные сообщества в почве сформировавшегося пастбища по почвенным горизонтам

Research Subject

Соотношение между общим бактериальным разнообразием и активным компонентом микробного сообщества, оцениваемое по профилям 16S rRNA на основе рибосомной ДНК и rRNA

Publication Details
Publication Date
2000-12-01
Journal
Publisher
ISSN
Access Type
Author Information
Authors
Robert I. Griffiths
Andrew S. Whiteley
Anthony G. O’Donnell
Mark Bailey
Explore further
Open the scid.ai AI chat with a ready-made request: it will find papers on a similar topic and help build a literature review.
Find similar papers in the chat →
Make a presentation
100%