pROC: пакет с открытым исходным кодом для R и S+ для анализа и сравнения ROC-кривых

ПРЕДПОСЫЛКИ: ROC-кривые (receiver operating characteristic, рабочие характеристики приёмника) являются полезным инструментом для оценки классификаторов в биомедицинских и биоинформатических приложениях. Однако выводы часто делаются на основе непоследовательного применения методов или недостаточного статистического анализа. Для поддержки исследователей при анализе ROC-кривых был разработан пакет pROC для R и S+, содержащий набор инструментов для визуализации, анализа, сглаживания и сравнения ROC-кривых в удобном для пользователя, объектно-ориентированном и гибком интерфейсе. РЕЗУЛЬТАТЫ: Используя данные, предварительно импортированные в среду R или S+, пакет pROC строит ROC-кривые и включает функции для вычисления доверительных интервалов, статистические тесты для сравнения полной или частичной площади под кривой либо рабочих точек различных классификаторов, а также методы сглаживания ROC-кривых. Промежуточные и окончательные результаты визуализируются в удобных для пользователя интерфейсах. На примере опубликованных клинических данных и данных о биомаркерах показано выполнение типичного ROC-анализа с помощью pROC. ВЫВОДЫ: pROC — это пакет для R и S+, специально предназначенный для ROC-анализа. Он предлагает несколько статистических тестов для сравнения ROC-кривых, в частности частичных площадей под кривой, что позволяет корректно интерпретировать ROC-кривые. Пакет pROC доступен в двух версиях: для языка программирования R и с графическим пользовательским интерфейсом в статистическом программном обеспечении S+. Он доступен по адресу http://expasy.org/tools/pROC/ на условиях GNU General Public License. Пакет также распространяется через общедоступные репозитории CRAN и CSAN, что упрощает его установку.