ДНК-штрихкодирование видов рыб Австралии

Были секвенированы (штрихкодированы) 207 видов рыб, главным образом морских рыб Австралии, по 655-п.н. участку гена митохондриальной цитохром-c-оксидазы субъединицы I (cox1). Большинство видов было представлено несколькими образцами; всего было получено 754 последовательности. Содержание GC у 143 видов костистых рыб было выше, чем у 61 вида акул и скатов (47,1% против 42,2%), главным образом вследствие более высокого содержания GC в третьей позиции кодона у костистых рыб (41,1% против 29,9%). У скатов содержание GC было выше, чем у акул (44,7% против 41,0%), также преимущественно вследствие более высокого содержания GC в третьей позиции кодона у скатов (36,3% против 26,8%). Средние расстояния Кимуры с двумя параметрами (K2P) внутри видов, родов, семейств, отрядов и классов составляли соответственно 0,39%, 9,93%, 15,46%, 22,18% и 23,27%. Все виды можно было дифференцировать по последовательностям cox1, хотя у единичных особей двух видов были выявлены гаплотипы, характерные для близкородственных видов того же рода. Несмотря на то что ДНК-штрихкодирование направлено на разработку систем видовой идентификации, полученные данные также содержали некоторый филогенетический сигнал. На дереве объединения соседей, построенном для всех 754 последовательностей, выделялись четыре основные кластера: химеровые, скаты, акулы и костистые рыбы. Виды одного рода неизменно группировались вместе, а роды внутри семейств, как правило, также образовывали совместные кластеры. Более подробно были исследованы три таксономические группы: куньи акулы рода Squalus, плоскоголовы семейства Platycephalidae и тунцы рода Thunnus. Клады, выявленные после бутстрэп-анализа, в целом хорошо соответствовали ожидаемым. Особи из операционных таксономических единиц, обозначенных как виды Squalus B–F, образовывали отдельные клады, что подтверждало морфологические данные о том, что каждый из этих таксонов представляет собой отдельный вид. Мы заключаем, что секвенирование cox1, или «штрихкодирование», может использоваться для идентификации видов рыб.