Автоматическое предсказание функций белков — геномный вызов

Перегруженные геномными данными, биологи сталкиваются с первым крупным постгеномным вопросом: каковы функции всех генов? Во-первых, растёт не только объём последовательностных и структурных данных, но и их разнообразие, что приводит к непропорциональному увеличению числа неохарактеризованных продуктов генов. Вследствие этого традиционные методы аннотации генов и белков, такие как перенос аннотации на основе гомологии, охватывают всё меньшую часть данных и во многих случаях усиливают уже существующие ошибочные аннотации. Во-вторых, необходима функциональная аннотация, стандартизированная и доступная для машинной обработки, чтобы программы предсказания функций можно было включать в более крупные рабочие процессы. Это проблематично, поскольку функция белка определяется субъективно и зависит от контекста. В-третьих, необходимо оценивать качество предикторов функций. Субъективность термина «функция» и многообразие аспектов биологической функции вновь делают эту задачу сложной. В статье кратко изложена история автоматического предсказания функций белков и рассмотрены последние достижения по всем трём направлениям.