Комплексный анализ взаимодействий РНК–хроматин, РНК– и ДНК–белок

Данные интерактома РНК–хроматин считаются одними из самых «шумных» типов биологических данных из‑за контактов кодирующих белок РНК и неспецифических взаимодействий между РНК и хроматином, обусловленных особенностями протоколов. Следовательно, обнаружение регуляторных взаимодействий между конкретными транскриптами и локусами генома требует широкого спектра фильтрационных методов для получения значимых результатов. Используя данные о попарных взаимодействиях между этими молекулами, мы предлагаем концепцию триады взаимодействия, включающую РНК, белок и локус ДНК. Построенные триады демонстрируют существенно меньше шумовых контактов и обладают большей значимостью по сравнению с фоновой моделью генерации попарных взаимодействий. Данные контактов РНК–хроматин можно использовать для валидации предложенного объекта триады в качестве положительного контроля (эксперимент Red‑ChIP) или отрицательного контроля (RADICL‑seq NPM). Наш подход также фильтрует контакты РНК–хроматин в регионах хроматина, связанных с функциями белков, на основе аннотации ChromHMM.