Первый черновой геном соболя, Martes zibellina

Представители рода Martes служат индикаторами раннего предупреждения об изменениях состояния лесных экосистем и относятся к видам — индикаторам управления. Соболь (Martes zibellina), один из наиболее широко распространённых представителей рода Martes, представляет собой небольшого циркумбореального хищника, обитающего во всех зоогеографических зонах тайги Евразии и демонстрирующего выраженную популяционную дифференциацию и морфологическую изменчивость. Для дальнейшего изучения локальной адаптации и эволюции популяций мы представляем первый геном соболя, собранный de novo по материалу одной особи, происходящей из Большого Хингана (Китай). Собранный геном имеет размер 2,42 Гб и состоит из 15 814 скаффолдов; значение scaffold N50 составляет 5,20 Мб. По результатам поиска полных генных групп Mammalia BUSCO (Benchmarking Universal Single-Copy Ortholog, оценка универсальных однокопийных ортологов) 95,15% курируемых однокопийных ортологов были собраны полностью, что свидетельствует о высокой полноте генома. Всего было предсказано 19 413 белок-кодирующих генов, а также аннотировано 0,82 Гб повторяющихся последовательностей. Кроме того, было выявлено 1 257 генов обонятельных рецепторов; у соболя обнаружено больше функциональных генов обонятельных рецепторов, чем у других видов семейства Mustelidae, что может объяснять на генетическом уровне его острое обоняние, используемое для поиска добычи под глубоким снегом. Филогенетический анализ показал, что хорёк (Mustela putorius furo) и калан (Enhydra lutris) образуют кладу, сестринскую по отношению к соболю; время расхождения оценено примерно в 16,4 млн лет назад. В целом наше исследование предоставляет первый референсный геном соболя для широкого спектра исследований, включая изучение локальной адаптации, эволюции популяций, охраны и управления этим видом.