Микробиота полости рта человека

Полость рта человека включает ряд различных мест обитания, в том числе зубы, зубодесневую борозду, язык, щеки, твёрдое и мягкое нёбо и миндалины, которые колонизированы бактериями. Микробиом полости рта состоит из более чем 600 преобладающих таксонов на уровне видов, при этом в различных нишах доминируют разные подмножества. Микробиом полости рта был всесторонне охарактеризован как культуральными, так и некультуральными молекулярными методами, такими как клонирование 16S rRNA. К сожалению, подавляющее большинство неназванных оральных таксонов обозначается номерами клонов или номерами доступа 16S rRNA в GenBank, часто без таксономических ориентиров. Первой целью этого исследования было собрать последовательности гена 16S rRNA в кураторскую базу данных, основанную на филогении — Human Oral Microbiome Database (HOMD) — и сделать её доступной в сети (www.homd.org). HOMD включает 619 таксонов в 13 типах: Actinobacteria, Bacteroidetes, Chlamydiae, Chloroflexi, Euryarchaeota, Firmicutes, Fusobacteria, Proteobacteria, Spirochaetes, SR1, Synergistetes, Tenericutes и TM7. Второй целью было проанализировать 36 043 клона гена 16S rRNA, выделенные в исследованиях орального микробиота, чтобы определить относительную распространённость таксонов и выявить новые кандидатные таксоны. Анализ выявил 1 179 таксонов, из которых 24% были названными, 8% — культивированными, но неназванными, и 68% — некультивированными филотипами. После валидации в HOMD будет добавлено 434 новых нетривиальных таксона. Число таксонов, необходимых для учета 90%, 95% и 99% исследованных клонов, составляет соответственно 259, 413 и 875. HOMD является первой кураторской описательной базой данных, посвящённой микробиоме, связанному с человеком, и предоставляет инструменты для понимания роли микробиома в здоровье и болезни.