Полногеномное секвенирование в клинической микробиологии и микробиологии общественного здравоохранения

Геномика и полногеномное секвенирование (WGS) способны значительно расширить знания и понимание инфекционных заболеваний и клинической микробиологии. Развитие и доступность настольных анализаторов для полногеномного секвенирования сделали применение геномики в клинической микробиологии и микробиологии общественного здравоохранения более осуществимым. С учетом существующих ограничений ресурсов и инфраструктуры WGS наиболее целесообразно применять в лабораториях общественного здравоохранения, референс-лабораториях и лабораториях, связанных со службой инфекционного контроля в больницах. Поскольку WGS представляет собой высший уровень характеристики штаммов и эпидемиологического анализа, в ближайшем будущем он, вероятно, заменит традиционные методы типирования, выявление генов устойчивости и другие исследования на основе секвенирования (например, ПЦР 16S рДНК). Несмотря на быстрое развитие геномных технологий, широкое внедрение в лабораториях клинической микробиологии и микробиологии общественного здравоохранения ограничивается необходимостью эффективных полуавтоматизированных аналитических конвейеров, стандартизированных контроля качества и интерпретации данных, наличия специалистов по биоинформатике и соответствующей инфраструктуры.