Электростатика наносистем: применение к микротрубочкам и рибосоме

Electrostatics of nanosystems: Application to microtubules and the ribosome
J. Andrew McCammon, David Sept, Simpson Joseph, Nathan Baker, Michael Holst
2001-08-21

уравнение Пуассона-Больцманаэлектростатический потенциалмикротрубочкичисленные методырибосома
Оценка электростатических свойств биомолекул стала стандартной практикой в молекулярной биофизике. Одной из основных моделей для выяснения электростатического потенциала является уравнение Пуассона–Больцмана; однако существующие методы его решения ограничивали возможность точных электростатических расчётов относительно малыми биомолекулярными системами. В настоящей работе мы представляем применение численных методов, позволяющее тривиально параллельно решать уравнение Пуассона–Больцмана для супрамолекулярных структур, размеры которых на несколько порядков больше. В демонстрацию этой методологии рассчитаны электростатические потенциалы для крупных структур микротрубочек и рибосомы. Результаты указывают на вероятную роль электростатики в различных функциях этих структур.
1
Показано применение масштабируемых электростатических расчетов к большим структурам микротрубочек, получены электростатические потенциалы для систем на порядки больших, чем в предыдущих исследованиях.
2
Показано применение масштабируемых электростатических расчетов к большим структурам рибосомы, получены электростатические потенциалы для систем на порядки больших, чем в предыдущих исследованиях.
3
Разработаны численные методы, позволяющие тривиально параллельно решать уравнение Пуассона—Больцмана для супрамолекулярных структур, значительно больших по размеру, чем ранее возможные.
4
Результаты указывают на вероятную важную роль электростатики в различных функциях микротрубочек и рибосом.

Супрамолекулярные биомолекулярные структуры (крупные сборки микротрубочек и рибосом)

Электростатические потенциалы и электростатические характеристики этих крупных биомолекулярных сборок, вычисленные методом численного решения уравнения Пуассона–Больцмана с использованием масштабируемых/тривиально параллельных методов

Publication Details
Publication Date
2001-08-21
Journal
Publisher
ISSN
Access Type
Author Information
Authors
J. Andrew McCammon
David Sept
Simpson Joseph
Nathan Baker
Michael Holst
Explore further
Open the scid.ai AI chat with a ready-made request: it will find papers on a similar topic and help build a literature review.
Find similar papers in the chat
Make a presentation
100%