3D-визуализация молекулNGL ViewerPDB-101RCSB Protein Data Bankвалидация структуры
Figures from the paper
Abstract (AI)
Банк данных белковых структур Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB PDB; http://rcsb.org), центр обработки данных США для глобального архива PDB, предоставляет данные PDB бесплатно всем пользователям — от структурных биологов до вычислительных биологов и специалистов других областей. В веб-портал RCSB PDB были добавлены новые инструменты и ресурсы для поддержки «структурного взгляда на биологию». Недавние разработки улучшили пользовательский интерфейс, включая высокоскоростной NGL Viewer, обеспечивающий трёхмерную визуализацию молекул в любом веб-браузере, расширенную поддержку загрузки файлов данных и улучшенную организацию веб-страниц для выполнения запросов, подготовки отчётов и изучения отдельных структур. Информация о валидации структур теперь доступна для всех архивных записей. Данные PDB интегрированы с внешними биологическими ресурсами, включая сведения о хромосомном положении в геноме человека, модификациях белков и метаболических путях. Образовательные материалы PDB-101 были реорганизованы в веб-сайт с возможностью поиска и дополнены новыми функциями, такими как цифровой архив Geis.
Key Findings
1
Интеграция данных PDB расширена за счёт хромосомных позиций в геноме человека, модификаций белков и метаболических путей; образовательные материалы PDB-101 также реорганизованы и дополнены.
2
RCSB PDB расширил веб-портал для поддержки комплексного «структурного взгляда на биологию» для структурных и вычислительных биологов.
3
Информация о валидации структуры теперь доступна для всех архивных записей PDB.
4
Высокоскоростной NGL Viewer обеспечивает трёхмерную визуализацию молекул непосредственно в веб-браузерах.
5
Улучшения пользовательского опыта включают расширенную загрузку файлов данных и более удобную организацию страниц запросов, отчётов и отдельных структур.
Research Object
Веб‑портал RCSB Protein Data Bank (RCSB PDB) и его архивные данные PDB
Research Subject
возможности портала по доступу к данным, визуализации, валидации, организации, интеграции с внешними ресурсами и предоставлению образовательных материалов
Publication Details
Publication Date
2016-01-01
Journal
Publisher
ISSN
Open access PDF
Access Type
Author Information
Download PDF
Subscribe to digest